多年後重看，發現第二第三部以前完全沒看懂

實際上，Zion同樣是一個虛擬的系統，我將它稱為Zion世界或Zion系統。而不是什麼real world。仔細研究Neo和創造者Architect的對話，你會發現導演已經把這個事實交代的清清楚楚了。
Neo正是從單手擋烏賊開始懷疑Zion世界的真實性的，所以他見到先知Oracle的第一個問題就問擋烏賊是怎麼回事，Oracle讓他去找Key maker以同Architect見面。Architect告訴Neo，他設計了Matrix世界，並且失敗過好幾次。後來一個「人類直覺檢測程序」——也就是Oracle提出了另一個方案，也就是現在採用的方案，即讓99％的人仍然生活在Matrix裡面，這些人對世界沒有什麼懷疑，甚至沒有意識到自己還能選擇，這些人運行的不過是系統編寫的有人類特徵的代碼而已，沒有什麼自主意識；另外1％的人自主意識比較強，總是對Matrix產生懷疑，於是系統核心Source構建了Zion世界，讓這1％的人生活在裡面。Zion世界裡的人總是試圖從Matrix世界裡解救出對Matrix產生懷疑的人，其實是幫助系統從Matrix里清除掉不穩定因素。每隔一段時間就會產生救世主程序——The One，The One是Source編寫的可以運行在Matrix和Zion兩個系統中的程序，他負責搜集有bug和異常的那些程序並把他們集中到Zion。然後The One在Oracle的引導下見到Architect，Architect照例給他兩個選擇，前五任救世主都出於悲憫天人的情懷選擇了重建Zion，這樣Zion被毀滅，系統得到穩定，同時救世主帶領從Matrix中挑選的16個男人和7個女人重建Zion。順便說一句，Neo和Trinity之間的愛情也是先知安排好的，所以她才告訴Trinity她將會愛上救世主。先知冒險的設計利用愛情的未知力量來進行系統升級——先知說過：Architect不過是一個系統的平衡者，他總是希望系統能回到最初的穩定狀態因而不斷地利用Zion排除bug和異常並重建Zion；而先知Oracle與Architect恰恰相反，先知總是試圖打破這種平衡，讓系統在未知的混亂中獲得新的源泉，從而完成系統升級。創造者總在打更新檔，先知卻想升級，所以第三部最後一幕創造者一上來就問先知你這遊戲是不是玩的太危險了——Neo由於愛情與前五任救世主不同的選擇，史密斯病毒的瘋狂複製以及在Matrix和Zion兩個系統中的傳播。如果Neo打不過史密斯，那麼病毒將全面侵佔系統，系統崩潰，當然所有人都死去——當然史密斯和Neo不過是同一段程序的兩種表現形式。Neo明白了以上事實，也就獲得了在Zion世界中的超能力（Zion世界是模擬真實世界建立的世界，是真實世界和Matrix世界的中間層，第一部中Neo明白了Matrix世界的代碼本質從而獲得Matrix世界中的超能力），在第三部中與系統核心Source作了交易，即幫系統幹掉史密斯，同時保存Zion世界而不將其毀滅。最後Neo和史密斯同歸於盡共同湮滅，系統順利完成升級，先知得到了勝利。至於新的系統中有沒有the one程序就不得而知了。但系統會遵守承諾保留Zion世界，同時給予那些想出去的人「自由」——想離開Matrix的人和想離開Zion的人，當然，除Neo外還沒有人明白Zion世界的本質。
順便提一句，Neo有雙重身份，一方面他確確實實是一個人，這一點Architect跟他說了，另一方面在他這個人的載體上運行這the one程序。當the one程序和病毒程序同歸於盡共同崩潰時，Neo在Zion世界中的意識即不復存在，但他的肉身仍然在生存著。
我覺得這部電影其實不是講人類和機器的鬥爭，而是講機器文明進化升級的過程。史密斯反覆在講，任何事有始就有終，人類文明已經終結了，現在是機器文明，而它正在進行著進化。結尾時創造者問先知到底這種穩定和平能持續多久——指升級後的新系統，電影裡是陽光普照一片光明的樣子——先知回答說越久越好。實際上這只是先知的良好願望，裝過機的人都知道系統重裝或升級後都會有一段性能非常好的時光，但隨著時間推移系統bug漏洞會越來越多，運行速度會越來越慢，還會感染病毒木馬什麼的。可以肯定新系統最終還是會陷入問題當中。當然，按照史密斯講的有始就有終，機器文明肯定也有它的終點。如果我來拍續集，我就會拍機器文明的終結和新的文明的誕生。