自由意志的勝利

Neo坐著由Trinity（有聖父聖子聖靈三位一體的含義）駕駛的Logos號飛船（邏各斯在希臘語中有真理或「道」的意思），穿越封鎖衝出雲層，進入Matrix，以自己的身體換取人以機器的和平，救贖了世界（有耶穌殉道的意味）。
這個精彩的故事裡面蘊含著深刻的哲學和宗教意味，也有政治的暗示。Matrix發展中形成的具有破壞力的程序史密斯已經脫離了Matrix的控制，而史密斯曾經是暴力統治工具，是以純粹的權利為取向的，並具有強烈的復仇意識。這種暴力和對權力的理性又瘋狂的追求具有傳染性，會將所有正常的系統程序覆蓋，最終使得系統為暴力、破壞力以及權力的渴望所填充。一個被暴力和對權力的追求所佔據的世界是不會達成平衡的，施加暴力的終將為暴力所傷害，系統的運行面臨威脅。而且史密斯的這種瘋狂的控制已經不滿足於在Matrix中報複和戰勝Neo，更通過對人的意識的控制，對現實中的Neo進行暗算。但此時的系統仍然在按計劃進行對人類每隔幾代例行的剿滅活動，因此人類世界zion和機器世界Matrix同時面臨危機。
機器是人創造的，而一旦機器取得了自由意志，人類依靠自己的力量無法抵禦機器的剿滅；程序是機器製造的，而一旦程序取得了自由意志，機器也無法依靠自己的力量抵禦程序的破壞。各自為戰，人與機器將會同歸於盡。
人類的本性是在漫長的進化中形成的，幫助人類解決生存中的種種問題，機器是新的威脅，並不知道如何面對。但人類的那些被史密斯看不起到特性——希望、信仰、愛情、犧牲、憐憫等等——在危機的時刻仍然起到了巨大的作用，雖然在力量上同機器如此懸殊，但仍然靠這些特性，用肉體抵禦住了機器的第一輪攻擊，贏得了時間，也為自己和Neo贏得了談判的機會。
Matrix的虛擬世界已經被史密斯搞得烏煙瘴氣，連Oracle這種最具「源」特性的程序也不能倖免的被覆蓋了。而Neo在Matrix中也並非無所不能，在雙方僵持不下，甚至Neo可能失敗的情況下，被史密斯控制的Oracle還是她的方式給了Neo鼓勵。最終，機器刺激了Neo的力量，在人和機器的共同努力下，戰勝了史密斯所代表的暴力、權力、惡、復仇的力量。Matrix可以重歸平靜，人類世界也避免了一次次被剿滅的命運。
結尾的地方最是意味深長，建築師和Oracle達成了共識，決定給予Matrix中的人類以自由意志，可以選擇在機器中享受虛擬的平靜和快樂或者選擇現實的殘酷和真實。這是個基督教新教當中非常重要的命題，上帝以其全知全能當然知道亞當和夏娃可能在蛇的誘惑下會吃伊甸園中的智慧果，但上帝仍然選擇在造人的時候給他們自由意志，不對他們的選擇加以干涉，因為上帝認為一個有自由意志的但是同時可能帶來罪惡的世界，要比一個沒有罪惡但同時也沒有自由意志的世界更符合他的期望。正是這種認識強化了西方文化中對自由的追求和認同，成為現代西方普世價值的核心。
相對來說，第一集更應該叫做「革命」，因為第一集更多的是關於人對自己所處的狀態的認識。試圖脫離Matrix的虛幻世界，逃出機器的控制，不做機器的糧食是最初的主題。第三集革的是機器與人的傳統關係的命，但更像是對統治者的勸告，不論你所建構的體系多麼完美，不論你的統治力量看上去是多麼堅不可摧，你終究會面對建構體系時無法設想的危機。就像愛因斯坦所說的，「人不能在產生問題的那個層次上解決問題」，統治者同樣需要不同的思維。在電影中則表現為象徵理性建構的建築師向象徵感性和不可知論的Oracle的妥協。當你剝奪了人們的自由，也就剝奪了人們的創造力，也就喪失了某天依靠人們的自由意志的副產品——真理——來解決系統問題的機會。只有把自由還給個人，並尊重人類的那些同樣具有工具性的感性力量，才能讓機體具有永久的活力。